Sở An toàn thực phẩm được thành lập trên cơ sở mô hình thí điểm của Ban Quản lý An toàn Thực phẩm TP.HCM, có chức năng tham mưu, giúp UBND Thành phố quản lý nhà nước về an toàn thực phẩm. 

Việc thành lập Sở An toàn thực phẩm là một trong những cơ chế được Quốc hội cho phép thí điểm ở TP.HCM, giao HĐND TP quyết định. 

Sở An toàn thực phẩm TP.HCM được thành lập sau quá trình thí điểm mô hình Ban Quản lý An toàn thực phẩm (kết hợp lực lượng từ 3 Sở Y tế, Công Thương, Nông nghiệp và Phát triển nông thôn) từ năm 2017 đến nay. 

Theo UBND TP.HCM, việc thành lập Sở An toàn thực phẩm là yêu cầu cấp thiết trong bối cảnh một đô thị lớn, không ngừng phát triển như TP.HCM. Đây là cơ quan chuyên môn có chức năng quản lý Nhà nước về an toàn thực phẩm, nhằm ngăn chặn, giải quyết dứt điểm, căn cơ tình trạng không đảm bảo an toàn thực phẩm trên địa bàn. 

Chức năng, nhiệm vụ và nhân sự của Sở An toàn thực phẩm được chuyển giao nguyên trạng từ Ban Quản lý An toàn thực phẩm. 

Sở An toàn Thực phẩm chịu sự chỉ đạo, quản lý trực tiếp, toàn diện về tổ chức, biên chế và hoạt động của UBND TP.HCM; đồng thời chấp hành sự chỉ đạo, kiểm tra, hướng dẫn về chuyên môn, nghiệp vụ của Bộ Y tế, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Bộ Công Thương.